Semifinales
Atlético Madrid1–3
ParmaIda
Parma2–1Atlético MadridVuelta · Global 5-2: pasó Parma
Cuartos de final (2 cruces)
Atlético Madrid2–1
RomaIda
Roma1–2Atlético MadridVuelta · Global 4-2: pasó Atlético Madrid
Marseille2–1
Celta VigoIda
Celta Vigo0–0MarseilleVuelta · Global 2-1: pasó Marseille
Tercera ronda (3 cruces)
Real Sociedad2–1Atlético MadridIda
Atlético Madrid4–1Real SociedadVuelta · con alargue · Global 5-3: pasó Atlético Madrid
Bologna4–1
Real BetisIda
Real Betis1–0BolognaVuelta · Global 4-2: pasó Bologna
Celta Vigo3–1
LiverpoolIda
Liverpool0–1Celta VigoVuelta · Global 4-1: pasó Celta Vigo
Segunda ronda (5 cruces)
Dynamo Moscow2–3Real SociedadIda
Real Sociedad3–0Dynamo MoscowVuelta · Global 6-2: pasó Real Sociedad
CSKA Sofia2–4Atlético MadridIda
Atlético Madrid1–0CSKA SofiaVuelta · Global 5-2: pasó Atlético Madrid
Willem II1–1Real BetisIda
Real Betis3–0Willem IIVuelta · Global 4-1: pasó Real Betis
Liverpool0–0
ValenciaIda
Valencia2–2LiverpoolVuelta · pasó Liverpool Se definió por sorteo.
Celta Vigo0–1
Aston VillaIda
Aston Villa1–3Celta VigoVuelta · Global 3-2: pasó Celta Vigo
Primera ronda (5 cruces)
Sparta Praha2–4Real SociedadIda
Real Sociedad1–0Sparta PrahaVuelta · Global 5-2: pasó Real Sociedad
Atlético Madrid2–0
FK ObilicIda
FK Obilic0–1Atlético MadridVuelta · Global 3-0: pasó Atlético Madrid
VB1–0Real BetisIda
Real Betis5–0VBVuelta · Global 5-1: pasó Real Betis
Steaua București3–4ValenciaIda ❗ A verificar: solo está en UEFA.
Valencia3–0Steaua BucureștiVuelta · Global 7-3: pasó Valencia ❗ A verificar: solo está en UEFA.
FC Arges0–1Celta VigoIda
Celta Vigo7–0FC ArgesVuelta · Global 8-0: pasó Celta Vigo
Ver todas las fuentes
30 de 32 resultados confirmados por dos fuentes; 2 quedan ❗ a verificar (RSSSF, UEFA). Están solo los partidos de clubes españoles. Los resultados son los del final del partido (con alargue si lo hubo); en los historiales, los definidos por penales cuentan como empate.
Fuentes: UEFA · RSSSF 1998/99