Final
10 de ago de 2004
Villarreal2–0
Atlético MadridIda
24 de ago de 2004
Atlético Madrid2–0VillarrealVuelta · penales 3-1 para Villarreal
Semifinales (2 cruces)
28 de jul de 2004
OFK Beograd1–3Atlético MadridIda
4 de ago de 2004
Atlético Madrid2–0OFK BeogradVuelta · Global 5-1: pasó Atlético Madrid
28 de jul de 2004
Villarreal1–0
HamburgIda
4 de ago de 2004
Hamburg0–1VillarrealVuelta · Global 2-0: pasó Villarreal
Tercera ronda (2 cruces)
17 de jul de 2004
Zlín2–4Atlético MadridIda
24 de jul de 2004
Atlético Madrid0–2ZlínVuelta · Global 4-4 (goles de visitante): pasó Atlético Madrid
17 de jul de 2004
Villarreal1–0
Spartak MoskvaIda
24 de jul de 2004
Spartak Moskva2–2VillarrealVuelta · Global 3-2: pasó Villarreal
Segunda ronda
3 de jul de 2004
OB0–3VillarrealIda
10 de jul de 2004
Villarreal2–0OBVuelta · Global 5-0: pasó Villarreal
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Los 12 resultados están confirmados por al menos dos fuentes (Wikipedia, UEFA). Están solo los partidos de clubes españoles. Los resultados son los del final del partido (con alargue si lo hubo); en los historiales, los definidos por penales cuentan como empate.
Fuentes: UEFA